Uno de los primeros congreso de la Federación de Estudiantes de la Universidad de Concepción, se realizó el 2010, fue uno de los más importantes ya que se decidió realizar cada dos años la instancia de pre-congresos y congresos federativos, con el fin de hacer a la federación de estudiantes, un organismo realmente representativo del estudiantado sin importar el color político que se encontrara a su mando.

Los pre-congresos, son asambleas de carrera extraordinarias, en ellas se discuten y analizan los actuales estatutos (leyes de la federación), ya sea en torno a su finalidad y a cómo han estado funcionando, de este modo las diferentes carreras, pueden modificar el método de trabajo que se ha llevado a cabo.

La Federación de Estudiantes de la Universidad de Concepción es elegida con el método del sufragio y se hace cargo, la lista que obtenga más votos. Existe una primera y segunda vuelta, en primera vuelta siguen en camino las listas que consiguieron más votos, para que en segunda vuelta sea elegida solamente una.

Además, la Federación, cuenta con sub organismos representativos que son elegidos también a través del sufragio, éstos son llamados vocalías. Las vocalías son grupos de trabajo que enfocan sus actividades en distintas temáticas, actualmente en la Universidad de Concepción existen las siguientes vocalías: Sexualidad y género; Derechos humanos, solidaridad y conflictos sociales; informaciones; trabajos comunitarios; Cultura, Medio ambiente y Bienestar.

Mauricio Rivas, actual presidente de la Federación de Estudiantes de la Universidad de Concepción, afirma que es importante que los estudiantes participen de estas instancias, ya que de ese modo se decide en conjunto el rumbo de la FEC: «Los congresos son muy decisivos, por ejemplo uno de los congresos más importante  más recordados de los últimos años, es el que se realizó el 2010. En ese congreso hubo cambios relevantes para la estructura orgánica, se pasó a tener lista abierta a lista cerrada, ya que antes la federación era repartida en los distintos partidos políticos presentes en la Universidad, además se agregó la vocalía de informaciones y así, la federación se volvió más partícipe de las problemáticas sociales, a través de todos estos cambios».

El congreso FEC, se realiza durante todo un fin de semana y consta de la plenaria final en la cual los representantes de las distintas carreras, informan sobre lo que se discutió en sus asambleas, de este modo, se va a armando una conclusión general que resultará en la aprobación de los estatutos actuales o la modificación de algunos e incluso, agregar otros nuevos.